La flora y fauna autóctonas son tan variadas como la topografía. A lo largo de la costa del Caribe crecen manglares y cocoteros. Desde el nivel del mar y hasta los 5.000 m, los pisos de vegetación presentan numerosos bosques que ocupan un total de 61 millones de ha (607.280 km², el 53,3% de la superficie total), en los que se encuentran árboles comercialmente aprovechables, como caoba, palosanto, roble, nogal, cedro, pino y algunas variedades de bálsamo. Entre las plantas tropicales se incluyen: hule (caucho), chicle, quina, vainilla, zarzaparrilla, jengibre, goma de copal, ipecacuana, haba tonca y frijol castor. Otras plantas características del país son el frailejón, la oca y la tagua.
Entre los animales salvajes se encuentran los más grandes mamíferos de América
del Sur, tales como jaguar, puma, tapir,
pecarí, oso hormiguero, cariacú,
oso melero, armadillo y varias especies de monos, como
el mono chucuto o uacarí. Los lagartos, que tiempo
atrás abundaron a lo largo de los principales ríos, se han cazado de manera
intensiva, por lo que en la actualidad son muy escasos. En las regiones
tropicales habitan muchas variedades de serpientes. Entre las aves
más destacadas hay que mencionar el cóndor, buitre,
tucán, perico, paujil,
cigüeña, tente y colibrí.
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